"פתרון חידת האלים" מציג סקירה רחבה של מסורות עתיקות לצד תיאוריות מודרניות, במטרה לבחון את השאלה האם יש הוכחות לקיומם של ישויות קדומות או חוצניות שהשפיעו על מיתוסים דתיים ותרבויות לאורך ההיסטוריה. המחבר בוחן טקסטים עתיקים מהמסורות ההודיות, הטיבטיות, האינדיאניות והקבלה היהודית, ומנסה לאתר נקודות מפגש בין מסורות אלה לבין רעיונות מודרניים של עב"מים וחוצנים.
הספר כולל מובאות רבות מתורות עתיקות, לצד תיאוריות חדישות שנוגעות לפירושים אפשריים של האלים והדמויות על-טבעיות במסורת האנושית. באמצעות קישורים בין מיתוסים, אגדות וטקסטים היסטוריים שונים, רמי שקלים מציע לקורא התבוננות רחבה על הדרכים שבהן בני-אדם ניסו להסביר את הלא-נודע.
המחקר בספר נעשה בגישה חופשית יחסית, שאינה כפופה לגישה מדעית קלאסית בלבד, והוא פונה לקוראים המתעניינים בנושאים של רוח, מיסטיקה והקשרים בין תרבויות, לצד שאלות על משמעות האלוהי והמעבר בין עולם הפיזי לעולם הרוחני.
הספר אינו מוגדר כספר אקדמי טהור, אלא יותר כסקירה אינטגרטיבית שמביאה יחד רעיונות שונים מהרוחניות, ההיסטוריה של הדתות, ומחקר על תופעות בלתי מזוהות שנדמו במספר מסגרות תרבותיות לאורך הדורות.