הרב מרדכי הכהן (10 בדצמבר 1906, כ"ג בכסלו תרס"ז – 19 באפריל 1972, ה' באייר תשל"ב) היה רב, סופר וחוקר, איש היישוב הישן בירושלים. ומחשובי הוגיה של הציונות הדתית אביהם של האחים שמואל אבידור הכהן, פינחס פלאי ומנחם הכהן, וחמיו של הרב יחזקאל פוגל.