לין מרגוליס (באנגלית: Lynn Margulis‏; 5 במרץ 1938 – 22 בנובמבר 2011) הייתה ביולוגית יהודייה-אמריקאית ופרופסור במחלקה למדעי כדור הארץ באוניברסיטת מסצ'וסטס אמהרסט. מרגוליס נודעת בעיקר בזכות התאוריה שפיתחה על מקור אברוני התא האיקריוטיים הקרויה אנדוסימביוזה. היא מזוהה גם עם השערת גאיה המבוססת על רעיונות של ד"ר ג'יימס לאבלוק.